2. Dalam kapasitas dan jabatan Pak Nas sebagai Wakil Panglima Besar TKR (wakil Panglima Besar Jenderal Sudirman) dan Panglima Komando Djawa.
Setelah berhasil memimpin Hijrah Pasukan Siliwangi, Pak Nas diangkat sebagai Wakil Panglima Besar TKR , wakil dari Panglima Besar Jenderal Sudirman yang saat itu juga menjabat Panglima Angkatan Perang mobil RI. Saat itu, Letjen Urip Sumoharjo sudah mengundurkan diri. Untuk mengisi tugas yang selama ini dipegang oleh Pak Urip, ditunjuklah pak Nas.
Saat itu, Pak Dirman dalam kondisi sakit paru-paru dan dirawat di Rumah Sakit Panti Rapih, sehingga Pak Nas praktis menggantikan tugas Ppak Dirman memimpin Angkatan Perang mobil RI. Langkah pertama yang Pak Nas lakukan adalah melakukan konsolidasi dan juga menyusun rencana operasi militer menghadapi serangan Belanda yang diperkirakan akan menyerang Rl.
Pengalaman menghadapi pasukan Belanda saat Agresi Militer pertama dituangkan dalam rencana operasi menghadapi serangan Belanda yang kemudian rencana tersebut dimatangkan oleh Dewan Siasat Militer yang dipimpin oleh Kolonel TB Simatupang menjadi konsep operasi gerilya.
Jabatan Wakil Panglima Besar TKR hanya sebentar Pak Nas jabat karena ada beberapa Panglima Divisi khususnya yang berasal dari Peta masih meragukan loyalitas Pak Nas, sehingga jabatan Wakil Panglima Besar dicabut diganti dengan Deputy Operasi Markas Besar Pusat.
Dalam rangka mempertahankan wilayah RI yang tinggal wilayah Sumatera dan sebagian besar pulau Djawa, dibentuklah Markas Besar Komando Sumatera yang dipimpin Kolonel Hidayat dan Markas Besar Komando Djawa yang dipimpin Kolonel A.H. Nasution. Pada saat TNI sedang konsolidasi menghadapi serangan pasukan Belanda, tiba tiba terjadi pemberontakan PKI di Madiun yang dipimpin oleh Muso.
Menghadapi pemberontakan PKI Muso ini Pak Dirman memerintahkan pasukan Siliwangi dibantu oleh Taruna Akademi Militer melakukan operasi militer pengejaran terhadap tokoh PKI yang terlibat dalam waktu dua minggu operasi militer pasukan Siliwangi telah berhasil merebut kembali Madiun dan kota sekitarnya yang telah diduduki PKI dan juga telah mampu menangkap para tokoh PKI yang terlibat.
Belum sempat istirahat setelah selesai melaksanakan operasi militer menghadapi PKI Madiun dan saat TNI merencanakan untuk latihan perang menghadapi serangan pasukan Belanda, tiba tiba Belanda melakukan Agresi Militer ke II tanggal 19 Desember 1948. Tanggal 18 Desember pak Nas ditugaskan oleh Pak Dirman untuk meninjau kesiapan pasukan TNI digaris depan Sidoarjo dan koordinasi dengan Panglima Divisi Kolonel Sungkono, maka dengan adanya Agresi Militer Belanda II, Pak Nas dengan kereta langsung pulang ke Yogya. Namun, sampai Prambanan kereta dihentikan.
Mulanya akan melanjutkan perjalanan ke Yogya untuk menuju markas MBKD yang sudah dipersiapkan di Kasihan Bantul. Namun situasi tak memungkinkan. akhirnya diputuskan untuk mendirikan markas MBKD di desa Kepurun, kaki gunung Merapi. Dalam perjalanan dari Prambanan menuju Kepurun, hampir saja Pak Nas ditahan oleh pasukan Laskar Pesindo, untung ajudan Pak Nas kenal anggota Laskar yang pernah dilatih baris berbaris, sehingga rombongan Pak Nas dibebaskan.
